A missziókerületek az ország különböző régióiban működő baptista közösségek együttműködését és támogatását szolgálják. Feladatuk, hogy élő és egészséges gyülekezeteket építsenek, minden településen elérhetővé tegyék a baptista istentiszteleteket, és erős testvéri kapcsolatokat alakítsanak ki a kerület gyülekezetei között. A missziókerületek saját területi sajátosságaik szerint szerveződnek, de mindig az egyház egészének szabályaihoz és ügyrendjéhez igazodnak. Jelenleg négy missziókerület működik Magyarországon: a budapesti, a dél-alföldi, a dunántúli és az észak-magyarországi. A missziókerület közösségei leginkább régióban élhetik meg aktívan a közösségi és missziói tevékenységeiket, elősegítve ezzel az egész kerületre kiterjedő együttműködést.
A Magyarországi Baptista Egyház missziókerületei
Budai Régió
Alsóhegy u., Budafok, Budakeszi, Budaörs, BudaSzíve, Érd, Érdligeti Biblia Közösség, Fókusz, Forrás, Nemzetközi Baptista Gyülekezet, Rózsakerti Baptista Közösség, Tatabánya, Törökbálint
Dél-pesti Régió
Albertirsa, Csepel, Dömsöd, Dunaharaszti, Dunaharaszti Teérted Gyülekezet, Dunavarsány, Dunavecse, Kiskunlacháza, Kispest I., Kispest II., Monor, Pesterzsébet, Pestszentimre, Pilis, Rákoscsaba, Rákoshegy, Rákoskeresztúr, Rákosszentmihály, Sülysáp, Szentmártonkáta, Szigetcsép, Szigetszentmiklós, Tököl, Vecsési Bárka Baptista Gyülekezet
Észak-pesti Régió
Angyalföld, Bárka Baptista Gyülekezet Pestújhely, Central, Cinkota, József u., Kőszikla Siketek Baptista Gyülekezete, Nap u., Pécel, Rákospalota, Tér Baptista Gyülekezet, Újpest, Wesselényi u.
Délnyugati Régió
Baja, Bátmonostor, Csongrád, Dávod, Érsekcsanád, Hercegszántó, Hódmezővásárhely, Jánoshalma, Kelebia, Kiskunhalas, Kiskunmajsa, Kübekháza, Magyarcsanád, Makó, Szeged, Szeged – Új Remény, Szentes, Tabdi, Tázlár, Tompa
Északnyugati Régió
Cegléd, Csengőd, Kecskemét, Kecskemét – Szőlőtő, Kiskőrös, Kiskunfélegyháza, Miske, Nagykőrös, Ócsa, Orgovány, Soltvadkert, Szank, Szeretetházi Baptista Gyülekezet
Keleti Régió
Békés, Békés – Tágas Tér, Békéscsaba, Békéscsaba – Új Forrás, Bélmegyer, Berettyóújfalui Filadelfia, Dévaványa, Gyomaendrőd, Gyulavári, Kétegyháza, Kondoros, Körösladány, Köröstarcsa, Medgyesegyháza, Méhkerék, Murony, Orosháza, Sarkad, Sarkadkeresztúr, Szeghalom, Törökszentmiklós, Újkígyós
Déli Régió
Balatonlelle, Balatonszemes, Bikal, Bodrog, Bogyiszló, Bonyhád, Dombóvár, Fadd, Kaposvár Békevár, Kaposvár Reménység Kapuja, Kéthely, Komló, Madocsa, Mohács, Nagyatád, Nagydorog, Paks, Pécs, Pécs – Szeretetvár, Pécs-Somogy, Siófok, Szekszárd, Váralja
Északkeleti Régió
Bicske, Dunaújváros, Esztergom, Komárom, Oroszlány, Pilisvörösvár, Székesfehérvár, Szentendre, Tahitótfalu, Tata, Tokod, Tordas, Velence
Északnyugati Régió
Csetény, Győr, Győrújfalu, Kőszeg, Mosonmagyaróvár, Nagykanizsa, Pápa, Sopron, Szombathely, Veszprém, Zalaegerszeg, Zirc
Délkeleti Régió
Bakonszeg, Berettyóújfalu, Biharkeresztes, Biharugra, Debrecen, Debrecen – Ígéret Háza, Debrecen – Nemzetközi Baptista Gyülekezet, Debrecen – Pac, Debrecen – Trinity, Debrecen – Új Remény, Derecske, Esztár, Hajdúbagos, Hajdúböszörmény, Hajdúböszörményi Keresztény, Hajdúböszörmény – Szeretetházi Gyülekezet, Hajdúnánás, Hajdúsámson, Hajdúszoboszló, Hosszúpályi, Kaba, Karcag, Körösnagyharsány, Körösszegapáti, Nagykereki, Nyíracsád, Nyírmártonfalva, Poroszló, Püspökladány, Sáránd, Tetétlen, Tiszafüred, Tiszagyulaháza, Tiszaigar, Tiszaszentimre, Vámospércs
Északkeleti Régió
Aranyosapáti, Bekölce, Boldva, Bőcs, Bükkzsérc, Cigánd, Domoszló, Eger, Egerszólát, Encs, Fedémes, Ilk, Kazincbarcika, Kisvárda, Kocsord, Kunmadaras, Lénárddaróc, Mátészalka, Miskolc – Belváros, Miskolc – Nyitott Ajtó, Miskolc-Szirma, Nagydobos, Nagyhalász, Nagyvarsány, Noszvaj, Nyíracsád, Nyírbátor, Nyírbogát, Nyíregyháza, Nyírmártonfalva, Nyírmeggyes, Olajfák Gyülekezet, Ózd, Porcsalma, Recsk, Rétközberencs, Sajószentpéter, Szajla, Szamosszeg, Szikszó, Szomolya, Tard, Tarnaszentmária, Téglás, Tuzsér, Tuzsér Roma, Újfehértó, Újléta, Újléta Roma, Vaja, Vámospércs, Varbó, Vásárosnamény-Gergelyiugornya, Záhony
Nyugati Régió
Acsa, Aszód, Bér, Bokor, Csömör, Dunakeszi plántálás, Felsőpetény, Fót, Galgaguta, Galgagyörk, Gödöllő, Gyöngyös, Hatvan, Hévízgyörk–Bag, Iktüsz Baptista Gyülekezet Maglód, Kartal, Kosd, Lucfalva, Mátraszőlős, Nógrádmegyer, Penc, Petőfibánya, Pócsmegyer, Püspökszilágy, Romhány, Salgótarján, Selyp, Szada, Szokolya, Sződ, Tóalmás, Vác, Vácegres, Veresegyház, Verőce